In der Dauerausstellung des Museums wird die Geschichte von Stadt und Kloster modern und auch für Kinder attraktiv präsentiert. Da kann man Schubläden herausziehen, um interessante Details zu entdecken, an Hörstationen Geschichten zur Welfensage und zum Mönchsleben erfahren oder ein Kettenhemd anprobieren. Schwerpunktthemen sind die Welfen und die Klostergründung, die Basilika und das Leben im Kloster, die mittelalterliche Buchmalerei, die Heilig-Blut-Verehrung und der Blutfreitag, der Flecken Altdorf und die Landvogtei sowie der Bauernkrieg.
Barrierefreiheit
Im Erdgeschoss des Schlössle befindet sich eine behindertengerechte Toilette. Der Ausstellungsraum im Erdgeschoss ist ebenerdig erreichbar. In die Ausstellungsräume im ersten und zweiten Obergeschoss sowie im Dachgeschoss gelangt man außer über das Treppenhaus auch über einen Aufzug. Lediglich ein Raum im Untergeschoss, in dem Kunstwerke von Rudolf Wachter gezeigt werden, ist nur über eine Treppe zugänglich. Zwischen den einzelnen Ausstellungsräumen gibt es niedrige Türschwellen. Der schmalste Durchgang ist circa 80 Zentimeter breit.